En el verano del año 2001, un grupo de 60 jóvenes de Santiago y de La Serena realizaron noches de alabanza y de teatro en la Plaza de Armas de la ciudad, para compartir el mensaje de Cristo con espectadores de todas las edades. Al poco tiempo, los pastores fundadores de La Casa del Señor, Tomás Gutiérrez y Paulina Rodriguez, siguiendo el llamado de Dios, envían a Mauricio Berguño y su esposa Paula Álvarez, como misioneros a La Serena. Luego de 7 años de arduo trabajo, la iglesia se consolida con la adquisición del terreno y posterior construcción del auditorio actual.

A fines del año 2008, los pastores llaman al matrimonio formado por Huberto Salgado y Filomena Baeza a ocupar el rol de pastores de la congregación. Tras 15 años de pastorado, Huberto y Filomena reciben el llamado de comenzar una nueva obra misionera en Albi, Francia.
Actualmente el pastorado es ejercido por Iván Illanes y su esposa Ornella Gaytán, quienes tras ocho años como misioneros en la iglesia, en Diciembre del 2024, reciben el llamado a pastorear la congregación.

El Señor ha sido fiel a su iglesia y durante todos estos años añadiendo día a día a mas miembros y prosperándola en todo.